我们知道，包括知识产权法律在内的整个法律体系作为一个国家文化的重要组成部分，其产生、发展、完善受到该国的经济发展阶段、政治制度、科技发展水平、历史、国际关系等众多因素的影响和制约。我国地理标志保护模式现状的形成也是有多方面成因的，如法律移植与美、欧保护模式的影响，部门利益等。但鉴于全球化背景下地理标志对我国日益凸显的战略意义，以及“多头管理”造成的地理标志注册和管理上的混乱和资源浪费，我们应该突破部门利益，全面考虑国家的社会、文化、经济、历史传统等因素，结合相关行政部门的具体职能，对地理标志的保护体系进行重新构建。

　　（一）商标局作为地理标志标识的注册和管理机关
　　如前所述，地理标志首先是一种标识。作为一种来源识别标志，其与商标法规范保护的商标没有本质的区别，均存在是否与在先使用或注册的其它标志相冲突的问题，因此原则上应对在先地理标志或商标权利进行交叉检索。国家工商总局商标局作为主管全国商标注册与管理工作的机关，在标识审查工作方面的资源优势、技术优势、人才优势非其他机关能比，同时，由商标局统一注册管理标识，有利于协调地理标志和普通商标的关系，防止职能交叉和机构重叠，还可避免加重企业负担。
　　此外，地理标志只有在商标局获得注册保护后，方可通过《商标国际注册马德里协定》和《马德里协定有关议定书》进行国际注册。因此，由国家工商总局商标局对地理标志进行注册和保护能够有效地维护地理标志注册人国内外的合法权益。

　　（二）质检部门作为对地理标志产品的品质监督管理机关
　　地理标志不仅是一个标识，同时也是一种质量保证，其最大的特征就是表明产品基于特定自然条件、人文因素所产生的优良品质。因此，对地理标志的保护，最重要的是对产品的质量进行监控，确保其区别于一般商品的优良品质。目前，一些地理标志权利人仅重视标识的使用问题，忽视了对产品品质的要求，导致这些地理标志产品质量、声誉严重下降，不仅有损当地的地理标志产业，也直接影响了地理标志制度的权威。
　　质检总局作为产品质量监督管理机关，在对地理标志产品质量监控方面具有技术和经验上的优势，应当依托其从生产到进出口的全程化质量管理优势，建立健全地理标志产品的技术标准，不断推进生产过程的质量保证体系和检验检测机构的建设，为维护地理标志产品的特定质量及其人文自然环境提供可靠的技术保障。

　　（三）农业部门确定地理标志的地域范围
　　地理标志由于其本身的特点，通常与农业联系在一起，农产品是地理标志保护的主要范围。我国幅员辽阔，特殊的气候环境、地理环境和悠远的农耕文明，使我国成为拥有众多农产品地理标志的资源大国。做好农产品地理标志保护，对增加农产品附加值，不断提高农民收入，扩大农产品出口，促进特色农业产业的形成和发展，推进农业产业化水平，优化农业产业结构具有极其重要的意义。
　　农业部作为主管农业与农村经济发展的国务院组成部门，在与农产品行业协会、农技推广机构、农户联系方面比较密切，在对特定地域农产品的特殊品质、产品地域范围的划定、生产过程的监控等方面也比较熟悉。因此，农业部门应当运用好其所掌握的丰富农业资源，发挥其在职能和技术上的优势，对农产品地理标志的资源进行普查，帮助地理标志权利人确定地域范围，指导农户进行种植，开展地理标志农产品的质量检验检测工作，共同推进我国农产品地理标志保护工作的健康发展。