在很多人看来，商标与地理标志时不同的。但是他们都属于知识产权中的特殊形态。因为地理标志不仅从属于人的创造力和劳动，同时还从属于地域、气候、水、土壤等自然条件；而商标只从属于人，与自然条件无关。商标是区别商品不同特征的一种专用标志。标志可以注册为商标，但标志决不等于商标，商标只是标志的一类。

地理标志与商标的区别是非常明显的。

首先，商标制度无法解决地理标志的产权归属问题。如前所述，地理标志是一个地域的名称，属于这个地域共有，而不能属于某个特定的企业或公民个人单独享有。由地理、人文、历史文化遗产组合构成的产品的无形资产应当由国家所有，这一地域的企业或组织只拥有其使用权。

商标本质上是一种私权利，可由个人或单个企业所有。如果把地理标志作为商标交由个人、单个企业或协会持有，就无法保证地理标志地域内的其他企业公平竞争，有可能会引起产权纠纷。

其次，商标无法保证地理标志产品特征的惟一性。地理标志在空间上，只从属于特定的地域和特定的自然地理条件，具有惟一性，不允许任意转让和买卖。在时间上，地理标志具有永久性，只要自然地理条件不变，产品特性不变，法律制度不变，就可以继续使用，甚至永久使用。而商标则不仅可以由任何厂商持有，而且可以跨地区、跨国进行买卖、转让、许可使用，不仅无法保护地理标志地域内企业的利益，而且还可能会造成产地误导，侵害消费者的利益，更无法保证产品的质量和信誉。在时间上，商标的使用是有限制的，按有关规定，商标注册有效期满不申请续展的，商标将被注销。

第三，在管理制度和方法上，商标制度无法保证产品的质量和信誉。商标注册仅仅是一种权利人得到某种机关认可的声明程序，如同婚姻登记并不保证爱情生活质量一样，商标注册登记本身也不保证产品的质量和信誉。而以法国为例的原产地域（地理标志）产品保护制度，显然可以使产品的质量和信誉得到充分保障。通过制定法律、标准、技术法规、操作规程和运用检验、检疫等手段，对原料生产、加工、制作到销售进行全方位、全过程的监督管理，从而有效保证产品优良品质。

在国际范围的保护也是如此。如果作为商标，要保护就要到国外申请注册，这不仅难以避免恶意抢注问题，而且会带来保护成本高昂的经济问题。地理标志按照《与贸易有关的知识产权协议》（TRIPS协议），由于其地理文化遗产的排他性，可在WTO成员国范围内自动得到承认和保护。

第四，按照国际惯例，地理标志原则上不能用作注册商标。TRIPS协议第23条第３款规定：如果申请注册的商标中“含有误导公众对商品的真正来源地产生误解”的地理标志，则成员应当依法拒绝其商标注册的申请，已经注册的商标则应当予以撤销。